Berdasarkan SK Mendiknas Tahun 2008 SIKK didirikan dalam rangka memberikan akses pendidikan terhadap anak-anak Indonesia yang tinggal di Sabah baik melalui pendidikan Formal maupun Non-Formal. Berdasarkan data dari Konsulat Jenderal Republik Indonesia Kota Kinabalu pada tahun 2010 lebih dari 50.000 anak-anak Indonesia yang telah memiliki pasport dan memiliki dokumen perjalanan yang sah berada pada rentang usia sekolah. Dari jumlah tersebut baru sekitar 10.000 telah ditangani melalui NGO International HUMANA dan unsur-unsur masyarakat yang berada di Sabah-Malaysia.

Duta Besar Republik Indonesia untuk Malaysia Bapak Da’i Bachtiar berharap bahwa Sekolah Indonesia Kota Kinabalu dapat menjadi center point pendidikan anak-anak Indonesia yang berada di Sabah-Malaysia. Dengan adanya SIKK diharapkan anak-anak Indonesia di Sabah akan mendapatkan akses pendidikan yang layak sebagaimana yang diperoleh anak-anak Indonesia lazimnya.

Merintis Pembukaan SIKK

Untuk kelancaran pelaksanaan Sekolah Indonesia Kota Kinabalu, maka dibentuk Panitia Pemanfaatan Subsidi Penyelenggaraan Sekolah Indonesia Kota Kinabalu, yang diketuai oleh Bapak Abas Basori (PENSOSBUD) di Konsulat Jenderal Republik Indonesia Kota Kinabalu. Panitia ini bertugas:

1. Pencarian lokasi yang tepat untuk penyewaan gedung sekolah.
2. Pengubahsuaian bangunan yang disewa disesuaikan dengan keperluan kelas.
3. Pembelian fasilitas sekolah sebagai penunjang beroperasinya sekolah.
4. Perijinan terhadap instansi terkait di Sabah-Malaysia.

Lokasi  awal Sekolah Indonesia Kota Kinabalu di tahun pelajaran 2008/2009 berada di Alamesra, Plaza Utama Jalan Sulaman, Kota Kinabalu, Sabah, Malaysia. Sejak Januari 2014, SIKK menempati gedung milik sendiri di Jalan 3B No 6 KKIP Selatan Dua Kota Kinabalu Industrial Park, Kota Kinabalu, Sabah, Malaysia. Hadir pada peresmian gedung tersebut Menteri Pendidikan Nasional, Bapak Muhammad Nuh.

Proses perijinan mendirikan Sekolah Indonesia di Luar Negeri bukan suatu perkara yang mudah meskipun telah terjadi kesepakatan bilateral oleh kedua pemimpin negara, hal ini dikarenakan dengan berbagai aturan teknis yang diterapkan antar departemen yang harus dipatuhi oleh warga asing yang akan mendirikan sebuah lembaga resmi di Sabah-Malaysia. Sekolah Indonesia Kota Kinabalu telah mengantongi ijin dari Kementerian Pelajaran Malaysia di Kuala Lumpur dengan pemilik “Kedutaan Besar Republik Indonesia Kuala Lumpur” yang diwakili oleh Atase Pendidikan dan Kebudayaan yaitu Bapak Imran Hanafi. Sedang perijinan selanjutnya adalah di level Negeri Sabah, panitia bekerjasama dengan kepala sekolah mengadakan pendekatan keberbagai instansi terkait di Sabah-Malaysia, dimulai dari Jabatan Bomba, Dewan Bandaraya Kota Kinabalu, Jabatan kesehatan dan Jabatan Pendidikan Negeri Sabah. Saat ini Sekolah Indonesia Kota Kinabalu telah mendapat kelulusan dari lembaga-lembaga di atas.

Sebelum SIKK beroperasi, Konsulat Jenderal Republik Indonesia di bawah Komando Acting Konsul Jenderal Republik Indonesia Bapak Rudhito Widagdo melakukan pendataan untuk anak-anak usia sekolah yang berdomisili di Kota Kinabalu dan sekitarnya, dari hasil pendataan KJRI Kota Kinabalu diperoleh data sekitar 576 anak-anak Indonesia yang belum mendapatkan pendidikan formal. Usia anak tersebut berkisar antara 6 tahun sampai dengan 16 tahun. Berkaitan dengan terbatasnya fasilitas gedung SIKK, maka dari jumlah tersebut panitia melakukan penseleksian berupa placement test. Placement Test ini dilakukan sebanyak 2 kali, pertama pada bulan Agustus 2008 dan placement test kedua pada bulan November 2008. Dari jumlah tersebut hanya 274 yang dapat ditampung melalui SIKK pada tahun ajaran 2008/2009.Hal ini disebabkan dengan terbatasnya jumlah kelas dan tenaga pengajar pada saat sekolah ini beroperasi. Pada awal beroperasinya Sekolah Indonesia Kota Kinabalu tenaga pengajar hanya kepala sekolah dengan tiga orang staf Tata Usaha dan dibantu oleh dua orang tenaga pengajar part-time.

Kedatangan enam guru yang berstatus Pegawai Negeri Sipil pada bulan Februari 2009 memberikan tambahan kekuatan bagi Sekolah Indonesia Kota Kinabalu untuk terus berbenah diri sehingga dapat segera memberikan layanan pendidikan terhadap anak-anak Indonesia di Sabah-Malaysia. Mudah-mudahan guru-guru tersebut akan memberikan warna yang positif terhadap berjalannya roda pendidikan di Sekolah Indonesia Kota Kinabalu, sehinga dapat menghantarkan bunga-bunga bangsa yang akan mengharumkan bangsa Indonesia di kemudian hari.

Untuk menjadikan Sekolah Indonesia sebagai center point pendidikan anak-anak Indonesia di Sabah-Malaysia diperlukan kerja keras, koordinasi baik antar departemen maupun antar direktorat di Indonesia dan Perwakilan Indonesia di Malaysia. Melakukan upaya-upaya pendekatan yang kontinu dan berkesinambungan terhadap berbagai departemen di Malaysia seperti Kementerian Luar Negeri di Kuala Lumpur, Kementerian Pelajaran, Kementerian Dalam Negeri dan Imigrasi.Hal ini penting agar pelaksana teknis di lapangan tidak mendapatkan hambatan yang diakibatkan belum jelasnya kebijakan di tingkat yang lebih tinggi.

Pada tanggal 21 April 2010  melalui proses dan perjalanan yang panjang SIKK telah mendapatkan tanah dengan ditandatanganinya kesepakatan jual beli antara Konsul Jenderal Republik Indonesia Kota Kinabalu yaitu Bapak Soepeno Sahid, S.H., M.M., dengan pihak Kota Kinabalu Industrial Park (KKIP).